“这不是仲裁者的制裁，而是更古老的存在。”神庙中的祭司长老咳出紫色血液，将一枚镶嵌着黑色晶体的权杖递给艾琳，“当宇宙诞生之初，熵与秩序的博弈中，诞生了试图吞噬一切的‘暗熵意识’。仲裁者不过是它的守墓人，而你们改写源代码的行为，意外唤醒了沉睡的...”话音戛然而止，长老的身体化作漫天孢子。
与此同时，阿尔文在飞船上的研究也取得突破。他发现暗域结构体的核心是某种“反生态反应堆”，通过逆向运转生态本源代码，将生命能量转化为纯粹的毁灭之力。但想要摧毁反应堆，必须在结构体的能量循环中制造共振缺口——而这需要足以与暗熵意识抗衡的庞大灵能。
艾琳做出了惊人决定：将卡兰星神庙中的古老能量阵列与联盟所有星球的生态祭坛联网，同时启动“诺亚方舟”号的超空间引擎，利用引擎过载产生的能量潮汐作为共振引子。这个计划风险巨大，稍有不慎，整个联盟的灵能网络都会被暗熵意识吞噬。但面对步步紧逼的暗域，这已是最后的希望。
当能量阵列启动的瞬间，整个卡兰星被金色光芒笼罩。艾琳站在神庙中央，将黑色晶体权杖插入祭坛核心，无数道生态信念的光束射向星空。“诺亚方舟”号的超空间引擎开始超负荷运转，船体周围的空间扭曲成危险的旋涡。阿尔文紧盯着监测屏幕，在暗域结构体能量循环的临界点，果断将陨石碎片导航仪接入共振网络。
金色与紫色的能量在宇宙中激烈碰撞，形成壮观的能量星云。艾琳的意识再次被卷入神秘空间，这一次，她直面暗熵意识的本体——那是一团不断膨胀的混沌，内部隐约可见无数文明的残骸。“你们终将成为我的养分。”暗熵意识的声音在她脑海中轰鸣。
“不，我们是文明的火种。”艾琳调动所有船员与联盟民众的生态信念，在意识空间中凝聚成璀璨的光盾，“生态本源代码的真谛，不是冰冷的制裁，而是万物共生的希望！”随着信念之光的冲击，暗熵意识的混沌开始出现裂痕，反生态反应堆的能量循环出现致命缺口。
在最后的关键时刻，艾琳将从两百万年前浮雕中破译的古老生态咒语注入共振网络。整个宇宙仿佛响起创世的钟声，暗域结构体开始崩解，孢子雨也失去活性。当光芒消散，“诺亚方舟”号的监测系统显示，暗熵意识的威胁暂时解除，但在星云深处，一颗散发着诡异紫光的星球正在孕育，似乎预示着更强大的敌人即将苏醒......